La estructura académica del Programa de Maestría en Biología Molecular y Biotecnología se fundamenta en un componente de formación teórica y otro componente de investigación. El componente de formación teórica brinda todos los conceptos básicos a los estudiantes. Cada estudiante debe cursar y aprobar en su totalidad 38 créditos, distribuidos en asignaturas obligatorias básicas y electivas. Las asignaturas que conforman este componente son: Biología Molecular, Biología celular y bioquímica, Bioestadística, Biotecnología, Microbiología, bioinformática, Seminario de Bioética y las asignaturas electivas. Este componente se extiende durante los cuatro semestres académicos que conforman el programa. El componente de investigación (17 créditos) tiene como propósito permitir al estudiante la formulación, diseño y ejecución de un trabajo original de investigación. El trabajo de investigación se debe enmarcar en una de las líneas de investigación del programa. Cada estudiante debe cursar y aprobar en su totalidad 55 créditos. El contacto del estudiante con el proceso investigativo se inicia desde el primer semestre académico. Este es un Programa presencial dado que se exige desarrollo experimental en el laboratorio. La duración del Programa es de dos años prorrogable como máximo por dos años más.