En febrero de 2004 se realizó una reunión con los decanos de las Facultades de Ciencias de la Salud de las universidades pertenecientes a la Red Alma Mater y allí se conformaron los grupos de trabajo para la propuesta de formulación del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas en red, uniendo fortalezas con los grupos de investigación de cada institución. Fue así como los docentes –investigadores de las universidades de la Red, acompañados y respaldados por la Red Alma Mater diseñaron, presentaron y les fue aprobado el Programa De Doctorado.
Los docentes encargados de elaborar el documento para el Ministerio y recibir la visita de los pares académicos fueron los Doctores Carlos González de la Universidad de Caldas, Juan Carlos Sepúlveda de la Universidad Tecnológica de Pereira, Jorge Enrique Gómez, John Carlos Castaño y Patricia Landázuri de la Universidad del Quindío y Gustavo Adolfo Vallejo de la Universidad del Tolima, quienes tuvieron a su cargo el trabajo interinstitucional de construcción y defensa del proyecto.
Se recibió la visita de pares los días 17-19 de Julio del año 2008 y se recibió la autorización para iniciar actividades mediante la Resolución No 8278 del 20 de noviembre de 2008 del Ministerio de Educación Nacional, otorgando el registro calificado No 54197 para iniciar labores en el año 2009 y por un término de 7 años. Se inició la primera cohorte del Programa en el mes de Agosto del año 2009. Cumplido el tiempo de este Registro Calificado, se solicitó la renovación del mismo, la cual fue otorgada mediante la resolución 14343 del 6 de Octubre de 2015, por un período de 7 años.