El programa de Maestría en Biología Molecular se desarrolla en cinco semestres con 60 créditos distribuídos en cursos de fundamentación que han sido diseñados para que el estudiante adquiera los conceptos necesarios para entender la biología y la biotecnología modernas y adquirir las destrezas necesarias para solucionar problemas en el campo de dichas disciplinas. El 60% de estos cursos es teórico y se dicta en forma presencial, mediante exposiciones del profesor, talleres y otras actividades. El 40% restante es trabajo individual dirigido en el cual el estudiante desarrolla temas de aplicación práctica en el que utilicen los conceptos de la biología celular y molecular. Se realizan prácticas de laboratorio relacionadas con los cursos programados. En el desarrollo de los cursos de especialización se hace énfasis en los aspectos aplicados, la familiarización con las técnicas biotecnológicas, la adquisición de un espíritu empresarial y la concepción y desarrollo de empresas de biotecnología. Estos cursos son teórico-prácticos e incluyen clases teóricas, prácticas de laboratorio, conferencias por profesores visitantes invitados y visitas a la industria y otros laboratorios de biología molecular y biotecnología. Las electivas permiten al estudiante profundizar en el área de su elección.